El tiempo en Mikonos es típico del clima Mediterráneo. En el verano es relativamente cálido y seco, mientras que en el invierno es suave y lluvioso. La humedad aparece principal- mente en el invierno y temprano en la primavera. Los prolongados periodos de sol durante la gran parte del año son más largos a las de otras partes de Grecia y como resultado la isla recibe muy pocas lluvias. No podemos olvidar que la isla al lado, la famosa Delos fue durante la antigüedad el santuario del dios de la luz Apolo.
Mykonos es llamada ¨Isla de los Vientos¨, y no son pocos los que creen que esa es la razón por lo que están ausentes los árboles de la isla .Por otra parte, la presencia de tantos molinos de viento, confirma la fama que tiene relación con el tiempo en Mikonos y su relación con los vientos.
Los vientos predominantes en el verano, casi a diario, son del norte y noreste (meltemi) que de alguna manera mitigan el calor del verano. Los vientos del norte que llegan a ser muy fuertes, predominan también en el invierno, mientras que durante febrero y marzo se observan tormentosos. En la primavera predominan vientos del sur y del sureste mientras en el otoño los vientos de diferentes direcciones son normalmente débiles y a veces se nota la falta de viento. En conclusión, durante la alta temporada turística y normalmente desde el 10 de julio hasta el 20 de agosto, predominan frecuentemente fuertes vientos del norte-noreste, así que en este periodo la isla se ofrece a los navegantes experimentados. Quienes deseen probar en veleros sus vacaciones y a la vez también disfrutar de la vida cosmopolita, y la diversión nocturna más animada del Mediterráneo en su punto cumbre simplemente pueden emplear un patrón. En todo caso y de acuerdo con el tiempo en Mikonos, la isla ofrece muchas opciones de playas protegidas de vientos, para amarraderos y también para disfrutar de la natación.
El tiempo en Mikonos se relaciona con dos de los más difíciles cruces del Egeo, cuando soplan vientos fuertes del norte y del noroeste.
Se trata del paso entre Mìcono e Icarìa (Ikàrio) así como el estrecho que se forma con Tìno (Tsikniàs). En la travesía de Icarìa (Ikàrio) el aire es por lo menos de 10 nudos más en relación con esa zona y la altura de las olas mucho mas del total en relación con la intensidad del viento. En el estrecho de Tsiknià las ráfagas que aparecen con el meltemi fuerte suben bruscamente la intensidad del viento causando el desgarre de la vela o la rotura del mástil, normalmente en el cruce, si el capitán no ha prevenido levantar, o reducir las velas adecuadamente mientras la condición del mar es muy confusa, con olas que pueden llegar por diferentes ángulos, o que también pueden coordinarse.
Lo característico del tiempo en Mikonos y la dificultad de la zona es que de acuerdo con la tradición homérica, fue allí donde Poseidón castigo a Eanta Lokrò al regresar de Troya por sus profanaciones.
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